新疆农业科学院创立于1955年，是自治区人民政府直属的综合性农业科研机构。全院现有粮食作物研究所、经济作物研究所、园艺作物研究所等17研究所（中心）、1个分院（伊犁分院），10个试验场站。全院人员编制1054名，截至2020年12月，在职职工957人，其中，专业技术人员837人，有中国工程院院士1名，“百千万人才工程”国家级人选和“万人计划”科技创新领军人才7人，国家级有突出贡献优秀专家7名，享受国务院政府特殊津贴专家72名，自治区优秀专家51人次。自治区有突出贡献优秀专家31名，自治区天山领军人才11人，自治区第一期天山英才一、二层次培养人选17名，自治区第二期天山英才一、二层次培养人选31名。有国家现代农业产业技术体系岗位科学家12人、综合试验站站长21人。专业技术人员中正高级职称162人，副高级职称324人；有博士104人，在读博士72人，硕士413人；硕士以上学历占68.58%；40岁及以下占62.25%。

作为自治区农业科技的主力军，新疆农业科学院始终坚持“创新立院、人才强院、开放办院”的工作方针，紧紧围绕自治区农业发展不同阶段的科技需求，以推动高质量发展为主题，以加强农业科技创新和学科建设为主线，提出并优先发展了种质资源利用与农作物新品种培育、作物栽培技术研究、农林重要病虫害预防与控制、农业资源高效利用、设施农业、农业工程技术与装备、微生物应用与工程、农产品精深加工与现代贮运、生物质能源、农业经济与科技信息等10大重点领域；重点培育和构建了作物遗传育种、作物栽培、园艺作物、农业生物技术、植物保护、应用农业微生物、农业资源与生态环境、农业工程与机械装备、设施农业、农业经济与农业系统工程、农业信息技术与应用、农产品质量安全与标准、农产品加工与贮藏、生物质能源等14个具有鲜明区域特色的重点学科。由我院主办的《新疆农业科学》成为“四核”期刊。

建院以来，全院共取得各类科研成果1233项，获奖成果591项，其中省部级二等奖以上奖励227项，审（认）定新品种439个。这些品种和成果的大面积推广应用，为促进我区粮食增产、农业增效、农民增收作出了重要贡献。

全院建有国家、部委、自治区各类科技平台73个，中长期基地33个。其中，建有国家现代农业科技示范区，国家棉花工程技术研究中心，科技部国际科技合作基地，农业部棉花、甜菜、大麦改良分中心，农业部区域重点实验室3个、农业部科学观测试验站7个，农业部原原种基地5个，国家农作物品种资源中期保持库，国家灰漠土肥力与肥料效益重点野外监测站，国家微生物菌种保存分中心，国家果树种质资源圃，国际玉米小麦改良中心（CIMMYT），新疆小麦试验站，建有自治区重点实验室4个，自治区级工程技术研究中心10个，自治区育种家基地6个，自治区西甜瓜育种研发基地2个，科技成果转化中心，引智示范基地4个，海南三亚农作物育种试验中心等。全院各类平台实验室总面积达1.22万平方米，拥有科研仪器设备4152台（件），设备总金额达1.17亿元，可用于试验、示范、良繁的科研用地面积1.5万亩。