全所核定的管理岗位4个。现有所领导4人，其中包括所长1人、专职副书记1人、副所长2人。

下属部门：农业经济研究中心、农业信息研究中心、网络中心、《新疆农业科学》（维、汉文）编辑部、《农村科技》（维、汉文）编辑部、图书馆和办公室。

加挂机构：新疆维吾尔自治区农业信息中心、新疆维吾尔自治区土地科研所、新疆维吾尔自治区智慧农业工程研究中心、国家农业科学数据共享中心—新疆共享服务分中心、新疆维吾尔自治区农业农村大数据应用中心、农业农村部和自治区科技厅科技查新定点单位。