新疆农作物生物技术重点实验室是新疆维吾尔自治区科技厅设立的自治区重点实验室之一，前身是“西北农作物细胞工程重点实验室”，具体由新疆农业科学院核技术生物技术研究所进行管理。实验室以应用基础科学研究为主，涉及分子生物学、植物病理学、农作物基因工程、植物生理生化、植物细胞学、作物栽培学等多个学科，重点开展新疆优势农作物优质、高产、抗逆等重要功能基因的克隆及功能分析;新疆优势农作物优质、高产、抗逆等重要性状的生理生化机理分析;新疆优势农作物重要经济性状的分子标记和辅助育种技术研究及新品种选育;新疆优势农作物优质、抗逆转基因新品种(系)的选育与转基因技术创新研究等方面农作物生物技术研究工作。
新疆农作物生物技术重点实验室紧紧围绕新疆农业发展战略的需要，以解决制约新疆农业发展中的重大、难点、热点问题，利用现代农业生物技术，以提高农作物的产量、改善农作物品质、增强农作物抗逆性和促进新疆农作物生物技术的科技进步为主要目标。依靠良好的科研条件凝聚和培养高级农业科技人才，将实验室建设成为代表我区农作物生物技术水平的研究基地、生物技术高层次人才的培养基地和学术交流中心。
