植物保护研究所是自治区唯一一家专业从事农林有害生物研究与防治的省级综合性研究机构，现有10个创新团队，分别是农业生物安全与生物防治创新团队、棉花病虫害综合防控创新团队、小麦及水稻病虫害综合防控创新团队、玉米病虫害综合防控创新团队、果树病虫害综合防控创新团队、蔬菜病虫害综合防控创新团队、甜菜病虫害综合防控创新团队、瓜类作物病虫害综合防控创新团队、食用菌种质资源挖掘与高效栽培创新团队、杂草鼠害与农药安全创新团队。

全所现有在编人员60人，聘用人员23人，共计83人。有研究员20人，副研究员17人，博士42人（在读博士8人）。现有国家级“百千万人才工程”入选1名，享受国务院政府特殊津贴专家1名，自治区有突出贡献优秀专家1名，“天山英才”入选11人，“三农”骨干人才入选15人，有国家现代农业产业技术体系岗站专家2人，自治区现代农业产业技术体系岗站专家8人，2019年获评全国民族团结进步模范集体。

2015年以来,全所取得科研成果38项，获奖成果24项，其中，获国家科技进步二等奖1项、自治区科技进步一等奖2项、二等奖11项、三等奖1项，获自治区专利奖三等奖1项；获中华农业科技奖科普成果奖1项、全国农牧渔业丰收奖2项、中国植物保护学会科学技术二等奖1项、三等奖1项，获甘肃省科技进步三等奖1项、乌鲁木齐科技进步二等奖1项、昌吉州科技进步一等奖1项。获得国家发明专利42项、实用新型专利52项。出版专著26部，发表论文476篇，其中SCI收录104篇。

依托研究所支撑建有“农业农村部西北荒漠绿洲作物有害生物综合治理重点实验室”“国家植物保护库尔勒观测实验站”“中亚农业有害生物综合防控技术联合研究中心”“新疆农业生物安全重点实验室”“新疆特色林果产业国家地方联合工程研究中心-新疆绿洲林果有害生物治理研究分中心”，研究所建有天敌繁育中心、食用菌试验基地、设施蔬菜试验基地、转基因棉花检测与监测安全监控试验等基地。

研究所拥有设施条件完备、仪器成组配套、设备齐全先进的专业实验室4450㎡，用于有害生物鉴定、快速检测、监测预警、绿色防控技术产品开发、生防菌资源挖掘与应用、农林外来入侵生物防控技术、昆虫天敌资源及优势天敌人工繁殖研究、农作物抗病、抗虫基因的挖掘和利用、转基因作物安全评价等各类仪器设备1160台（套）。

针对新疆特色农林作物有害生物的发生情况，研发的新技术涵盖了粮、棉、林果、特色作物、设施农业等领域，在全疆得到了广泛应用，取得了显著的社会、经济、生态效益。从扶桑绵粉蚧、马铃薯甲虫、稻水象甲等重大新发外来入侵生物监测预警和封锁防控到棉铃虫、小麦条锈病、玉米茎腐病等优势农作物，果树重大有害生物科学的绿色高效防控技术研究取得一系列创新性成果，已成为新疆乃至西北区域不可或缺，且对农业产业发展起到重要支撑作用的植保研发机构。