棉花研究所（国家棉花工程技术研究中心）现有职工58人，其中高级职称27人，占比47%，博士18人，占比31%。享受国务院政府特殊津贴3人，国家百千万人才、全国五一劳动奖章、农业农村部神农英才、自治区科技进步特等奖各1人，自治区有突出贡献专家2人，自治区天山创新领军人才及创新团队各3个，国家和自治区农业产业技术体系科学家岗位各2人。内设棉花种质资源、早熟棉育种、棉花分子育种等6个创新团队。主要开展棉花种质资源收集及利用、新品种选育及生产技术研究、示范推广和技术服务等工作。现有新疆棉花遗传改良与智慧生产重点实验室及3个技术研究中心，3个棉花原原种基地和育种家基地，3家科技实体公司。2015年以来，获国家科技进步二等奖1项、中国专利优秀奖3项；自治区科技一等、二等奖奖励12项，审定（登记）品种59个，入选国家和自治区主导品种目录22个，主推技术目录17个，签订转让（许可）金额6820万元。累计推广自育品种9681万亩。
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