新疆特色果蔬基因组研究与遗传改良重点实验室依托于新疆农业科学院园艺作物研究所，2021年12月由自治区科技厅批准建设，获得省部级以上奖励31项，其中国家科技进步二等奖1项，自治区科技进步二等奖3项、三等奖1项。现任实验室主任是新疆农业科学院园艺作物研究所所长余庆辉研究员，实验室学术委员会主任是中国农业科学院郑州果树研究所王力荣研究员。实验室现有固定人员27人，其中研究人员24名，管理人员3名。其中正高级职称有6人，副高级职称有15人，中级职称6人，博士后2人。实验室面积合计为2050平方米，仪器总值1160.5万元，其中万元以上仪器设备118台（套）。

实验室面向国家农业可持续发展的重大战略需求和植物科学的国际发展前沿，围绕“新疆特色果蔬基因组研究及遗传改良”，开展系统性、原创性的基础和应用基础研究。设3个研究方向：（1）特色园艺作物功能基因组与组学大数据。利用现代分子生物学和生物信息学方法，开展基因组等组学基础研究，挖掘重要性状基因，开发快速育种技术，为新品种选育奠定基础。（2）特色果树遗传改良。围绕新疆特色苹果、香梨、杏子产业及新疆葡萄（鲜食、制干、酿酒）产业开展资源创制与育种研究。（3）特色加工型蔬菜分子育种。围绕新疆加工番茄、加工辣椒特色产业，开展资源创制与育种研究。