新疆农业科学院园艺作物研究所成立于1979年，是新疆维吾尔自治区唯一的省级园艺研究综合性科研事业单位，全所现有科研人员51人，其中研究员18人，副研究员22人，博士后2人、博士10人、在读博士11人。国家领军人才“万人计划”1人、享受国务院特殊津贴专家1人、自治区天山领军人才2人、天山英才1人、国家体系岗位专家1人、试验站站长4人。目前设有蔬菜遗传育种、蔬菜栽培与设施农业、葡萄与浆果、果树资源与育种、红枣与干果和扁桃与核果等6个研究室。现有新疆特色果蔬基因组研究与遗传改良重点实验室、新疆蔬菜工程技术研究中心、园艺作物生物技术与分子育种重点实验室、果树生理与品质分析实验室和果树分子生物学实验室等科研平台，实验室面积2050m²，仪器设备405台套，院内办公楼1477.85m²。建有国家（轮台）果树资源圃、农业农村部新疆果树科学观测实验站、国家葡萄产业技术体系栽培与品质调控岗位、苹果产业体系阿克苏综合试验站、红枣产业体系新疆试验站、大宗蔬菜体系（乌鲁木齐）试验站、特色蔬菜（乌鲁木齐）试验站，拥有新疆农科院安宁渠试验场基地、轮台资源圃、叶城果树资源基地、麦盖提红枣资源育种等试验基地合计500余亩。

针对新疆主要特色果树、蔬菜等园艺作物，开展种质资源与新品种选育、优质高产栽培以及果蔬加工技术研究。重点开展葡萄、香梨、红枣、核桃、杏子、扁桃、欧洲李等特色果树、加工番茄、加工辣椒、露地与设施蔬菜等园艺作物品种资源研究与利用以及优质、丰产、专用新品种选育，优质高产栽培技术集成研究、果品加工工艺技术与产品研发以及新品种、新技术、新产品的示范推广、成果转化和技术培训服务，为自治区园艺产业持续发展和农民增收提供技术支撑。取得科研成果合计150余项，获奖成果16项，其中国家科技进步二等奖2项、自治区科技进步一等奖1项，二等奖9项、三等奖2项，获植物新品种保护权2项。出版专著15部，在核心期刊上发表论文407篇，SCI论文25篇，审、认定果树蔬菜新品种56个，新品种、新技术累计推广面积达到160万亩。