玛纳斯棉花育种基地是新疆农业科学院经济作物研究所早熟棉课题组田间试验示范驻地，依托国家重点项目“新疆优质棉基地建设—玛纳斯棉花育种家基地”和国家棉花改良分中心建立并逐年完善。基地建现有产能5000吨的良种棉轧花厂和配套的机械剥绒种子加工生产线，有科研综合楼（种子及纤维检验室、生理指标检测室、专家食宿区）600m²，挂藏室、种子库、试轧间等260m²，晒场1000m²，有标准化试验田229亩，原种繁育田1020亩。

基地有11人，其中，科研人员5人（研究员1人，副研究员3人，助理研究员1人），科研助理6人。其中，国家棉花产业技术体系综合试验站站长1人，获自治区“天山英才计划”第二层次培养人选3人。主持、参加国家基地建设项目2项，国家重点研发项目2项，国家基金项目5项，转基因重大专项1项，自治区重点研发项目2项，自治区实验室开放课题2项，其他自治区级科研和推广项目10余项，获自治区科技进一等奖1项、二等奖2项、三等奖1项、昌吉州科技进步一等奖1项、二等奖1项，农业部农牧渔业丰收三等奖1项，获国家发明专利2项，申请植物新品种权2项。获得国家发明专利3项，申请国家发明专利2项，发表论文40余篇，其中SCI收录5篇。

长期以来与区内外高校、科研院所及企业紧密合作，联合在基地开展基础研究、新材料创制、品种选育、成果转化及配套技术研发，创制了大量优异育种基础资源材料，特别是在抗病、抗（耐）旱、抗（耐）盐碱、超高品质等各类新材料创制方进展突出，拥有各类品种资源和育种新材料1300余份，成熟的后备育种材料30余份，为棉花的品种选育研究工作奠定了坚实的基础。育成了新陆早17号、18号、50号、57号、73号，新农棉1号、2号，伊陆早7号，棕928、棕620等。其中，新陆早50号连续多年被农业部列为北疆早熟棉主栽品种，成为首个地方审定进入新疆兵团的主栽机采棉品种；早熟优质高产新陆早57号，以其早熟、稳产、适应性广的特点，成为南北疆主推救灾棉花品种；新农棉1号早熟、丰产性等特点突出；选育棉花品种累计推广面积2300余万亩。

基地在配套栽培技术研究方面条件十分便利，针对早熟棉主产区存在无霜期短、热量资源相对不足等不利自然条件，以“早熟、丰产、优质”为核心，系统开展了种植模式、保苗匀苗、水肥一体化、群体优化、促早催熟等多项关键生理栽培技术研发工作，集成熟化了早熟棉高产高效栽培技术体系。自主研发的出苗水滴施腐植酸和磷肥滴施等各项栽培技术节约植棉成本、增加收入，得到棉农认可，大面积的推广应用，同时创建了多个大面积亩产皮棉200公斤高产示范田，并创建了亩产皮棉250公斤的超高产典型。

基地本着“科技为本、服务至上、质量第一、兴棉富民”的理念，以培育优良棉花品种为核心，促进植棉技术进步为目标，积极推进“育、繁、推”科技产业化运行模式，为早熟棉区棉花品种更新换代、优质棉种繁育生产以及棉花产业可持续健康发展发挥了重要的作用。