随着我国转基因棉花研究的不断发展和产业化步伐的不断加快，转基因棉花安全管理的范围将从研究、试验延伸至生产、加工、进出口等领域，有关转基因棉花及其产品检测、鉴定、安全评价及监控管理的任务将越来越大。在此背景下，新疆农科院植保所组织申报的“国家转基因棉花检测与监测中心（西北）建设项目”可研报告于2007年获农业部批准（农计函[2007]120号），2008年获得自治区农业厅批复（新农计函[2008]53号），2011年12月项目建设内容全部完成，在新疆农科院吐鲁番长绒棉研究所东坎儿井试验站建安全监控试验基地70亩，新建基地工作间78平方米、田间道路修建及硬化2782平方米，新建70亩地的田间滴灌系统，新建隔离围墙870米。

自基地建成以来，每年与中国农科院合作开展“抗棉铃虫”“抗除草剂”“优质高产”“纤维品质改良”等新型转基因棉花外源基因表达情况、生长性状、棉花品质及环境风险评估等方面的研究工作。此外该基地还承担新疆及西北地区转基因棉花及其产品的检测、鉴定、安全评价与监控任务以及农业部安排的转基因棉花安全检测试验，为我国转基因棉花的安全管理提供技术保障。可对转基因棉花及其产品进行全程有效检测与监控，对转基因棉花的潜在风险和危害制定防范措施，对于产品标识、环境保护和行政执法有重要意义。