“国家小麦改良中心新疆分中心”2010年由农业部批准成立，主要开展小麦优异基因挖掘与分子机制解析、种质资源精准鉴定与新种质创制、高效育种技术研究与应用、以及优质高产抗逆小麦新品种培育示范与产业化开发等。

分中心现有专业技术人员21人，其中研究员7人，副研究员8人，中级6人。自建立以来，中心累计投入近千万元，建设有品质分析实验室、分子生物实验室、生理生化实验室、土壤生态实验室及智能温室等，配备有粉质仪、拉伸仪、揉混仪、PCR系统、电泳系统、全自动化学分析仪、高精度冠层测温仪、野外植物生理生态监控系统、根系生长监测系统、大地电导仪等仪器设备，以及小麦品种改良田间试验从种到收的全套农作机械设备。

中心成立以来先后选育推广了新冬53、新冬57、新冬60、新粮169、新春43、新春 48、粮春1758等10余个适合新疆区域生态特点的不同品质类型、不同种植模式的高产优质品种，其中新冬53、新冬60、新粮169、粮春1758等先后创造自治区或全国高产纪录，并在生产中得到大面积应用推广。同时，针对我区水资源紧缺，农业用水日趋严峻的现实，开展了抗旱广适新品种培育，先后选育出新粮201、新粮1583、新粮607、新粮804等抗旱高产品种（系）。同时，利用KASP高通量检测技术，对现有种质资源进行了表型与基因型精准鉴定；开展了BSA重测序结合BSR-Seq分析挖掘小麦耐旱相关基因的研究；针对新疆覆雪条件下的独特生态环境，开展了冬小麦抗寒鉴定技术与TaABA8ox基因抗寒分子机制研究。同时，以中心为平台，与国内外研究机构开展了广泛的合作。近几年，中心先后承担了科技部2030生物育种重大专项、自治区重大科技专项、自治区重点研发专项、新疆农科院稳定支持专项等项目或课题，发表研究论文20余篇，授权植物新品种保护权15项。中心已经成为我区小麦新品种选育与新技术研发的重要创新平台。