自治区农科院的南繁始于上世纪六十年代，进入20世纪90年代，随着南繁作物种类和科研人员数量的不断增加，南繁育种在缩短农作物育种年限、种子纯度鉴定等方面发挥的重要作用愈加突显。新疆农科院海南三亚科技示范园自1999年4月开始筹建，租用了三亚市林场和洪李村的部分土地共计160亩，租期为40年，坐落在海南省三亚市海棠区洪李村，距三亚市中心33公里，距海口市267公里。2000年规划建设，做到了当年投资，当年使用。2007年6月成立新疆农科院海南三亚育种试验中心，为全额拨款副处级独立法人事业单位。2025年1月改名新疆维吾尔自治区海南三亚育种站，升格为正处级事业单位。育种站发展至今，现已建有现代化温室大棚50座，占地65亩，露地南繁育种试验区75亩，同时建有900m2综合楼一座，辅助用房510m2，机井4口并配有地下供水管网、现代化多功能灌溉系统和650m的蓄水系统，小型气象站，基因编辑生物育种实验室及用于培育基因编辑苗的玻璃智能温室大棚，南繁基础条件及科研设施较为完备。

育种站基地现有在编人员10人，科研人员8名，专职管理人员2名，长期雇佣人员3人。其中,高级职称3人，中级职称5人,博士学位3人,硕士学位4人。先后被授予“国家农作物品种展示评价基地”、“全国南繁工作先进单位”、“海南省星火科技示范园区”、“海南省吴明珠院士团队创新中心”、“海南省甜瓜西瓜遗传育种重点实验室”、“海南省三亚市哈密瓜110服务站”、“海南省新型农民职业培训基地”等荣誉称号。

目前，育种站基地每年服务14种作物(玉米、棉花、甜瓜、西瓜、番茄、辣椒、油菜、向日葵、花生、大豆、高粱、小麦、谷子、红花)的南繁工作，服务15000余份试验材料。