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新疆农科院博士后科研工作站于2002年10月经国家人社部批准建站，研究制定了《新疆农科院博士后科研工作站管理暂行办法》，博士后研究人员累计主持及参加国家、自治区重点项目50余项，在农业科研领域科研创新能力强，发展潜力大，提升了我院的科研水平。

新疆农业科学院博士后科研工作站先后招收21名博士后进站工作，其中：10名博士顺利出站，1名博士退站，10名博士在站。近五年来，有5名博士获国家博士后面上基金项目资助，8人（次）博士获得自治区优秀博士后研究人员资助，2018年和2019年连续被自治区评为优秀博士后工作站。同时，建立了博士后等高层次人才配套管理办法，院、所在项目、科研条件、待遇上给予多方位支持和倾斜，锻炼培养了高层次人才，激励了一批青年科技人员成长，为我院科技创新带来了新的思路、注入了新的活力，有效地促进了我院高层次人才队伍结构优化和梯队建设。2020年和中国农业科学院博士后流动站举办联合培养博士后工作，每年联合招收5名左右博士进站进行研究工作。